地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了，似乎恢复了和平。人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。而就在这时，神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断，变成了“孤独的行星”。